n°30
Février
2015
Smilei, un code PIC performant et open source
De nombreux laboratoires du Plateau de Saclay se sont fédérés autour du projet CILEX (Centre Interdisciplinaire de la Lumière Extrême) qui hébergera le futur laser APOLLON. L’objectif est d’étudier la matière sous forme de plasma lorsqu’elle est irradiée par des lasers d’intensité extrême encore inédite. Afin d’accompagner ce très grand effort expérimental, il a été décidé de développer Smilei, un nouveau code de simulation pour lequel les physiciens bénéficient de la collaboration de nombreux acteurs experts en calcul scientifique. Et la version 1.0 vient tout juste de sortir.

La spécificité première de Smilei est qu’il est le produit d’une collaboration entre différents laboratoires, mais surtout, qu’il associe des équipes ayant des expertises très différentes et complémentaires. Le petit groupe initial de physiciens et d’experts en calcul intensif du LLR, du LULI et de la Maison de la Simulation a, en effet, été progressivement renforcé par l’IDRIS, le LRI et le LPP.

Ce projet regroupe finalement des physiciens des plasmas, des astrophysiciens, des numériciens et des spécialistes du calcul intensif. Ainsi, l’ambition de l’équipe SMILEI dépasse le seul cadre du projet CILEX. Il s’agit de développer un code permettant la simulation d’une large gamme de phénomènes physiques et qui soit capable (...)

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Evénement

Journée des Expériences au CC-IN2P3 : le cycle de vie des données en question

Rendez-vous de début d’année, la Journée des Expériences a eu lieu le 22 janvier au Centre de Calcul de l’IN2P3 au lendemain de la réunion d’arbitrage sur les demandes exprimées pour 2015 par les groupes. Pierre-Etienne Macchi, directeur du CC-IN2P3, a d’ailleurs pu annoncer que le budget restait constant par rapport à 2014 et que les demandes de ressources effectuées devraient être couvertes. Moment de rencontre entre les équipes du Centre de Calcul et la communauté des utilisateurs, nous avons souhaité cette année une plus grande interaction avec les personnes présentes en proposant deux sessions plus dédiées à la discussion. La première avait pour thème le cycle de vie des données. Animée par Jean-Yves Nief, responsable de l’équipe Stockage, elle pose le problème du devenir des données pour les utilisateurs/groupes inactifs (ou en fin d’activité). Que doit-on faire de toutes ces informations stockées sur les différents supports proposés par le Centre ? Faut-il les conserver et pour combien de temps (...)

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Bio-informatique

eTRIKS - Une plateforme de Bio-Informatique au CC-IN2P3

eTRIKS [1] est un partenariat public-privé européen établi dans le cadre de l’initiative IMI [2] visant à accélérer le développement de nouveaux médicaments plus performants et plus sûrs pour les patients. Elle vise spécifiquement trois domaines : • Réduire les coûts de calcul et d’exploitation des données et des bases de connaissances de recherche translationnelle [3] ; • Permettre aux non-statisticiens d’effectuer des analyses exploratoires ; • Faciliter l’analyse croisée d’études venant de domaines différents, par exemple de cohortes de patients avec des données d’essais cliniques. Plus spécifiquement dans le cas d’eTRIKS, le but du projet quinquennal est la gestion et le développement d’une plateforme collaborative d’analyse bio-informatique de données cliniques accessible via Internet. Plusieurs projets nationaux ou européens ont rejoint eTRIKS pour bénéficier du déploiement de cette nouvelle plateforme. C’est le cas, entre autres, de Abirisk, Oncotrack, U-Biopred ou encore récemment de Bioaster. Partenaire clé, le Centre de Calcul de l’IN2P3 contribue au projet de (...)

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Collaboratif

Gitlab au CC-IN2P3 : la parole est au social coding

Le CC-IN2P3 propose depuis plusieurs années différents outils de gestion de code. Qu’ils soient adeptes de CVS, SVN, Mercurial ou Git, près de 1200 personnes utilisent aujourd’hui ces logiciels avec lesquels près de 300 dépôts de code sont gérés sur scm.in2p3.fr (aussi connu sous les noms svn.in2p3.fr et git.in2p3.fr). Mais la mode est aujourd’hui au social coding, c’est-à-dire au développement collaboratif de code avec les outils adéquats pour partager, commiter et travailler ensemble en un seul clic. Dans ce paysage d’outils de gestion de code, un petit nouveau vient donc de faire son apparition : Gitlab, un clone du célèbre GitHub. Outre l’hébergement de dépôts Git, il propose également des outils annexes pour la gestion de projets, tels qu’un gestionnaire de bugs ou un wiki pour la documentation. Mis en place au CC-IN2P3 depuis le mois de mai et en production au 1er janvier 2015, Gitlab a déjà ses aficionados puisque 108 utilisateurs sont déjà répertoriés. Parmi les logiciels hébergés sur Gitlab, citons par exemple les modules Puppet qui gèrent la configuration (...)

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Formation

ENVOL 2014 - Méthodes de test et validation des logiciels

ENVOL est une Action Nationale de Formation (ANF) organisée par le CNRS (via PLUME, DevLOG, la DSI et des laboratoires du CNRS) proposant des stages de formation (des écoles) tous les deux ans. Le développement logiciel est un processus complexe allant bien au delà de l’écriture de code logiciel. Les écoles ENVOL proposent chaque année une thématique autour de ces développements pour la recherche scientifique. Le public visé par ENVOL est large : ingénieurs et chercheurs (y compris doctorants) ayant une activité de développement logiciel. Les présentations des différentes écoles sont disponibles sur le site PLUME. L’édition 2014, qui s’est déroulée du 18 au 21 novembre 2014 à La-Londe-les-Maures, proposait une formation aux méthodes de test et validation des logiciels. Cette édition était organisée en collaboration avec l’INRA, VetAgro-Sup et Inria. Cette thématique a soulevé un intérêt certain puisqu’elle a attiré 53 participants de diverses disciplines, dont 4 de l’IN2P3, ainsi que l’organisateur. Le programme était composé de (...)

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Lu pour vous
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A noter
Atrium vous attend !
La nouvelle plateforme documentaire de l’IN2P3 est prête à accueillir vos projets, dans un esprit (...)

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Agenda
8 au 11 déc - 11èmes Journées RESeaux (JRES)
Les 11èmes Journées RESeaux (JRES) auront lieu du 8 au 11 décembre 2015 à Montpellier. Les JRES (...)

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