24. Lettre n°24 | Lettre Informatique

n°24

Juillet

2013

	Une collaboration pour faire avancer la recherche en infectiologie

L’institut de recherche technologique BIOASTER, le Centre de Calcul de l’IN2P3 et la société SysFera collaborent depuis février 2012 pour concevoir et déployer la plateforme de calcul scientifique de BIOASTER dédiée à la bio-informatique. Actuellement à l’état de prototype, la plateforme passera en préproduction fin septembre 2013 : BIOASTER va fournir les applications et les données brutes, le Centre de Calcul de l’IN2P3 va fournir l’infrastructure de stockage et d’analyse, et SysFera va fournir l’interface entre les utilisateurs et le système grâce à l’intergiciel SysFera-DS. BIOASTER est l’un des 8 Instituts de Recherche Technologique français fondés grâce au programme des Investissements d’Avenir, et le seul dans le domaine de la santé. Le projet BIOASTER a été porté conjointement par Lyonbiopôle, le pôle de compétitivité lyonnais dédié aux biotechnologies, et l’Institut Pasteur, fondation dédiée à la recherche, la santé publique et l’enseignement dans le domaine des maladies en priorité infectieuses. Les autres membres fondateurs sont l’Institut Mérieux, Sanofi, Danone Research, mais aussi le CNRS, l’INSERM et le CEA. Il s’agit en fait d’un modèle inédit de partenariat entre public et privé dont l’objectif est de lever les verrous technologiques bloquant le passage de la preuve de concept au produit exploitable. BIOASTER va focaliser cette recherche (...) lire la suite

Biarritz, 21-25 janvier 2013

ENVOL 2012 – Développement collaboratif pour le logiciel libre

L’édition 2012 de l’action nationale de formation (ANF) « ENVOL », organisée sous les auspices du projet PLUME, s’est déroulée à Biarritz du 21 au 25 janvier 2013. Coorganisée par le CNRS (via PLUME, la DSI et des laboratoires du CNRS) avec la participation d’Inria, elle a accueilli cinquante participants et seize intervenants. Depuis 2008, PLUME propose tous les deux ans environ, une formation pour le dEveloppemeNt et la ValOrisation des Logiciels en environnement de recherche. Celle de 2012 avait subi un léger décalage dans son planning. Les deux premières éditions ont permis de faire un point sur les méthodes et outils de développement de logiciels, sur les moyens de valorisation de ces logiciels (ENVOL2008), avec un aspect plus concret de mise en oeuvre et d’utilisation (ENVOL2010). Cette édition d’ENVOL, financée dans le cadre des ANF avec une contribution importante de la DSI du CNRS, a eu pour ambition de renforcer la collaboration entre utilisateurs et/ou développeurs de codes (libres dans la majorité des cas), en se (...)

LCG France

Bientôt 10 ans - Frédérique Chollet fait le bilan de LCG France

Comme beaucoup, j’ai côtoyé la physique des particules avant de m’orienter très vite vers les sciences de l’ingénieur. J’en garde une curiosité pour les enjeux scientifiques de l’IN2P3. Je fais « depuis toujours » partie du service informatique du Laboratoire d’Annecy-le-Vieux de Physique des Particules. Mon parcours m’a ouvert de multiples horizons allant de l’acquisition et traitement en temps réel jusqu’au « Grid Computing » pour les expériences LHC. Même avec des objectifs à très long terme, l’exigence au quotidien des collaborations internationales, l’évolution des technologies, les échanges entre collègues, tout nous incite à aller de l’avant. C’est encore le cas aujourd’hui dans le cadre de LCG-France. Le projet a été initié en 2004 par l’IN2P3/CNRS en collaboration avec l’IRFU/CEA. Il a pour objectif de répondre aux besoins de calcul des expériences LHC en France et de maintenir opérationnels au sein de WLCG (Worlwide LHC Computing Grid), les différents centres de type Tier-1 au CC-IN2P3 et Tier-2/Tier-3 (type mésocentre) présents à (...)

Réseau

La bande passante de RENATER largement occupée par les données du LHC

Fairouz Malek, responsable scientifique du projet LCG-France, l’a rappelé dans une interview publiée dans le rapport d’activité de RENATER : "Si le réseau n’est pas performant, rien ne se passe". A consulter ce rapport, on peut en effet constater que les données du LHC occupent une très grande partie du réseau déployé par RENATER. On peut par exemple y lire "En 2012, RENATER contribue activement à la mise en place de la partie française du réseau LHCONE (LHC Open Network Environment) destinée à transmettre rapidement les énormes masses de données générées par les expériences menées au CERN dans le cadre du projet Large Hadron Collider (LHC). Réalisé en collaboration avec la communauté de la physique des particules (HEP/Large Hadron Collider Computing Grid), le réseau LHCONE permet de distribuer à très haut débit ces données aux sites participant aux expériences, en particulier le centre de calcul de premier niveau Tier1 de l’IN2P3 à Villeurbanne, et les centres de second niveau Tier2, comme le GRIF (Ile-de-France) ou Subatech (Nantes)." (...)

LLR, 28-30 mai 2013 (Ecole polytechnique, Palaiseau)

12ème édition des Rencontres LCG-France

LCG-France organise traditionnellement deux rencontres par an au cours desquelles sont discutés l’état d’avancement du projet, l’évolution de l’infrastructure des sites et les activités de calcul des expériences LHC. Du 28 au 30 mai derniers, la session du printemps 2013 s’est tenue à l’école polytechnique à Palaiseau, organisée localement par le LLR et en particulier avec l’aide très précieuse d’Andrea Sartirana. Elle a réuni au total sur les 3 jours, près de 70 participants. Andrea Sartirana (resp. technique GRIF - LLR) Les enjeux pour la période de redémarrage du LHC après le 1er Long Shutdown (LS1) ont été évoqués par les orateurs de CMS et d’ATLAS. Comme chaque fois, la session réseau a permis de mesurer le chemin parcouru dans ce domaine. Le déploiement en France du LHCONE, réseau visant à fournir une connectivité très haut débit pour les communications entre les sites Tier1 et Tier2 est l’un des faits marquants de ces deux dernières années. Au fil des ans, la collaboration avec RENATER, l’implication des experts réseau du CC-IN2P3 et de l’Irfu (CEA) se sont révélées (...)

Interview