L’institut de recherche technologique BIOASTER, le Centre de Calcul de l’IN2P3 et la société SysFera collaborent depuis février 2012 pour concevoir et déployer la plateforme de calcul scientifique de BIOASTER dédiée à la bio-informatique. Actuellement à l’état de prototype, la plateforme passera en préproduction fin septembre 2013 : BIOASTER va fournir les applications et les données brutes, le Centre de Calcul de l’IN2P3 va fournir l’infrastructure de stockage et d’analyse, et SysFera va fournir l’interface entre les utilisateurs et le système grâce à l’intergiciel SysFera-DS.
BIOASTER est l’un des 8 Instituts de Recherche Technologique français fondés grâce au programme des Investissements d’Avenir, et le seul dans le domaine de la santé. Le projet BIOASTER a été porté conjointement par Lyonbiopôle, le pôle de compétitivité lyonnais dédié aux biotechnologies, et l’Institut Pasteur, fondation dédiée à la recherche, la santé publique et l’enseignement dans le domaine des maladies en priorité infectieuses. Les autres membres fondateurs sont l’Institut Mérieux, Sanofi, Danone Research, mais aussi le CNRS, l’INSERM et le CEA. Il s’agit en fait d’un modèle inédit de partenariat entre public et privé dont l’objectif est de lever les verrous technologiques bloquant le passage de la preuve de concept au produit exploitable. BIOASTER va focaliser cette recherche technologique dans trois domaines d’intervention :
la recherche et le développement de nouveaux traitements thérapeutiques pour traiter les maladies infectieuses ;
la recherche et le développement de nouveaux outils de diagnostic pour mieux cibler les traitements des maladies infectieuses ;
la recherche et le développement de nouveaux outils pour étudier et exploiter le microbiome, c’est-à-dire la flore microbienne qui colonise le corps humain, notamment le tube digestif.
Le Centre de Calcul de l’IN2P3, un partenaire naturel pour la bio-informatique de BIOASTER
Mais pourquoi collaborer avec le centre de calcul de l’IN2P3 ? L’amélioration et la miniaturisation des technologies en biochimie et biologie moléculaire génèrent de plus en plus de données de plus en plus facilement ; typiquement, il est désormais possible de séquencer le génome d’une bactérie pour environ mille euros. Mais ces technologies fournissent uniquement un résultat brut qu’il faut décrypter, annoter, puis analyser afin que le biologiste lui donne un sens. C’est le rôle de la bio-informatique. La masse d’informations à analyser justifie l’emploi d’une infrastructure de stockage et d’analyse haut débit. Le Centre de Calcul de l’IN2P3 a un savoir-faire reconnu en stockage et analyse de données. Il est donc un partenaire logique et indispensable pour la conception et le déploiement de l’infrastructure bio-informatique de BIOASTER. D’un côté, BIOASTER bénéficiera des méthodes de stockage et de sauvegarde mis en place pour les expériences de physique des hautes énergies. De l’autre côté, BIOASTER va participer directement à la mise en place du service d’infrastructure virtualisée, basé sur OpenStack.
OpenStack comme solution d’infrastructure mutualisée
En effet, BIOASTER souhaite pleinement participer à l’activité du Centre de Calcul de l’IN2P3. Le CC-IN2P3 héberge déjà un ingénieur de BIOASTER qui travaille à la mise en place de la plateforme bio-informatique et du support qui l’accompagne. D’ici septembre, il sera rejoint par un administrateur système qui travaillera au déploiement du service sous OpenStack.
Le support, grâce à SysFera, va mettre en place le guichet auquel vont s’adresser les utilisateurs pour soumettre leurs calculs, que cela soit par ligne de commande ou par interface Web. L’administrateur système va travailler sur l’infrastructure OpenStack pour étendre la quantité de machines disponible et assurer la disponibilité du service.
Ensemble, BIOASTER, SysFera et le Centre de Calcul de l’IN2P3 forment un partenariat pour concevoir une plateforme bio-informatique originale et innovante à la fois sur son interface utilisateur et sur l’infrastructure sous-jacente.
Nicolas SAPAY
