n°30
Février
2015
eTRIKS - Une plateforme de Bio-Informatique au CC-IN2P3

eTRIKS [1] est un partenariat public-privé européen établi dans le cadre de l’initiative IMI [2] visant à accélérer le développement de nouveaux médicaments plus performants et plus sûrs pour les patients. Elle vise spécifiquement trois domaines :

• Réduire les coûts de calcul et d’exploitation des données et des bases de connaissances de recherche translationnelle [3] ;

• Permettre aux non-statisticiens d’effectuer des analyses exploratoires ;

• Faciliter l’analyse croisée d’études venant de domaines différents, par exemple de cohortes de patients avec des données d’essais cliniques.

Plus spécifiquement dans le cas d’eTRIKS, le but du projet quinquennal est la gestion et le développement d’une plateforme collaborative d’analyse bio-informatique de données cliniques accessible via Internet. Plusieurs projets nationaux ou européens ont rejoint eTRIKS pour bénéficier du déploiement de cette nouvelle plateforme. C’est le cas, entre autres, de Abirisk, Oncotrack, U-Biopred ou encore récemment de Bioaster.

Partenaire clé, le Centre de Calcul de l’IN2P3 contribue au projet de par son expertise sur l’hébergement de grands volumes de données et la fourniture de ressources pour leur traitement. La plateforme inclut plusieurs composantes, un serveur public qui est la vitrine démontrant la capacité du projet à analyser des données pour divers types de pathologies ainsi qu’une composante spécifique à chacun des projets collaborant avec eTRIKS. Un module élémentaire de ce déploiement est représenté dans la figure ci-dessous. Il est reproduit pour chaque nouveau projet qui rejoint eTRIKS.


L’architecture de la plateforme est basée sur une architecture de Cloud Openstack sur laquelle les différentes machines virtuelles exécutent des tâches spécifiques. L’accès est accordé au travers d’un mécanisme d’authentification basé sur un catalogue LDAP définissant le rôle et le degré de privilège de chaque utilisateur. L’utilisateur final peut accéder à la lecture et à l’analyse des données au travers d’un logiciel applicatif, tranSMART.

Après deux ans de collaboration, le CC-IN2P3 héberge, avec le serveur public, deux projets partenaires en recherche translationelle : Abirisk (prédiction des risques d’immunisation anti-biopharmaceutique) et Oncotrack (caractérisation des marqueurs biologiques pour la prédiction des tumeurs). Il définit le déploiement et fournit le matériel et l’expertise nécessaire au maintien de la structure cloud décrite ci-dessus et aux tests et mises-à-jour nécessaires pour les outils en jeu.

De plus, la collaboration du Centre de Calcul propose la possibilité d’un support « à distance » pour des projets partenaires d’eTRIKS qui ont choisi un engagement plus indépendant, mais qui veulent bénéficier de l’expertise et des connaissances du partenariat. Le portail opérationnel de eTRIKS, géré à 100% par les membres du CC-IN2P3 engagés dans le projet, est une synthèse concrète de tous les services et du support déployés : https://portal.etriks.org/Portal/

Gino MARCHETTI et Ghita RAHAL (CC-IN2P3)

[1] European Translational Information and Knowledge Management Services (Services européens d’information translationnelle et gestion de connaissances)

[2] Innovative Medicines Initiative (Initiative pour des Médicaments Innovants)

[3] La recherche translationnelle est à l’interface entre la recherche fondamentale et clinique. Elle représente une passerelle entre la recherche orientée vers les patients et la recherche à visée cognitive.