Du nouveau du côté des grilles de calcul ! Alors que la grille européenne EGEE (Enabling Grids for E-SciencE) entame sa phase finale et que les pays européens se dotent de plus en plus de grilles nationales (National Grid Initiative), une petite dernière est née : la grille Rhône-Alpes.

La grille rhônalpine basée sur l’intergiciel EGEE mutualise les ressources informatiques de plusieurs unités situées sur la région Rhône-Alpes, conformément aux objectifs définis par l’Institut des Grilles consistant à développer plusieurs grilles régionales sur lesquelles s’appuierait la grille nationale française.

La grille rhônalpine met potentiellement à disposition des chercheurs plus de 7000 cœurs (CPUs). Elle est actuellement constituée des nœuds suivants : le LAPP (Annecy), le LPSC (Grenoble), l’IPNL (Lyon), l’IBCP (Lyon) et le CC-IN2P3 (Lyon) qui est à l’initiative de ce projet. A terme, tous les organismes de recherche de la région Rhône-Alpes qui ont une infrastructure informatique à partager sont susceptibles de participer à cette grille, comme l’explique Yonny Cardenas, en charge du déploiement de la grille régionale au CC-IN2P3 : « La grille s’est naturellement constituée à partir des nœuds de la grille EGEE présents sur la région Rhône-Alpes. Mais l’objectif à terme est de rassembler tous les moyens de calcul des universités et des laboratoires de la région ayant des ressources à mettre à disposition. On a commencé à faire tourner quelques applications pilotes sur la grille, mais l’idée est d’ensuite attirer de nouvelles communautés, parmi celles qui ont un important besoin de calcul ou de stockage de données. »

Avec cette nouvelle grille, le Centre de Calcul de l’IN2P3 confirme donc l’ouverture de ses ressources à d’autres disciplines scientifiques puisque les chercheurs de tous les domaines scientifiques sont susceptibles d’y faire tourner leurs calculs. Les premiers utilisateurs de la grille rhônalpine ne sont d’ailleurs pas physiciens mais chercheurs au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE).

Les recherches du LBBE conduisent les scientifiques à maintenir de nombreuses bases de données dédiées à la phylogénie [1] et à l’évolution moléculaire. La construction et la mise à jour de ces bases reposent sur la comparaison entre elles de centaines de milliers de séquences biologiques (voire des millions pour certaines bases) ainsi que sur le calcul de centaines de milliers d’alignements de séquences et d’arbres phylogénétiques.

Ces comparaisons des séquences nécessitent un temps de calcul très important. Le LBBE a utilisé la grille rhônalpine pour la construction de l’une de ces bases (HOVERGEN, base de familles de gènes de vertébrés) : ce calcul a été réalisé en une semaine, sans la grille il l’aurait été en deux ans environ. Il représente aussi un excellent cas d’utilisation de la grille régionale car le calcul et les données ont été distribués sur différents sites, grâce à la technologie glite. « Cette méthode de calcul est exceptionnelle pour ce type d’applications dans le domaine des sciences du vivant, explique Pascal Calvat, responsable de l’activité Ouverture au CC-IN2P3, exceptionnelle car au-delà de l’aspect technique, les mentalités freinent considérablement l’accès à ce genre d’outils, qui permettent pourtant d’accélérer considérablement les recherches. »

Autre point fort de cette grille : le CC-IN2P3 s’efforce de proposer un accompagnement personnalisé. Les nouveaux utilisateurs sont en effet accompagnés dans toutes les étapes de leurs calculs, de l’expression de leurs besoins jusqu’à la mise en production et aux résultats scientifiques. « Cet accompagnement est un véritable atout, selon Yonny Cardenas. Et en cela, la grille rhônalpine se démarque clairement des infrastructures existantes en promouvant l’accès réel aux grilles auprès de chercheurs de tous les domaines qui n’utilisaient pas jusque là la grille. »

Enfin, le CC-IN2P3 propose dans le cadre de cette grille un certain nombre de services liés à son expertise dans différents domaines : du stockage massif de données avec iRODS, jusqu’à l’interopérabilité des grilles avec JSAGA, en passant par un service de support aux utilisateurs confirmé. Services qui pourront encore s’étoffer lorsque le rapprochement avec les grilles de recherche (ex : CIMENT ou Grid’5000) se concrétisera.

Gaelle Shiffrin